政治研究所主要研究领域包括:台湾政治体制、政党政治、政治文化、两岸关系、涉台外交、台湾问题的国际因素等。师资力量:李鹏教授、刘国深教授、陈孔立教授、张文生教授、陈先才教授、孙云教授、沈惠平副教授、唐桦副教授、王贞威副教授、王程助理教授、王佳霖助理教授等。招生与培养专业:政治学理论(博士)、国际关系(博士);中外政治制度(硕士)、台湾研究-台湾政治方向(博士)。
经济研究所主要研究领域包括:台湾宏观经济、两岸经贸关系以及亚太区域经济合作等。师资力量:李非教授、唐永红教授、王华教授、石正方副教授、王勇副教授、黄燕萍副教授、林子荣副教授等。招生专业:区域经济学(博硕士)。
历史研究所主要研究领域包括:台湾各个历史时期的政治、经济、社会、文化、重大事件和重要人物;海峡两岸关系历史进程。师资力量:李细珠教授、陈小冲教授,陈忠纯教授、张侃教授、黄俊凌副教授、陈思副教授、王玉国助理教授、王琪颖助理教授等。招生专业:中国史(博硕士)、台湾研究-台湾历史方向(博士)。
文学研究所主要研究领域包括:台湾文学史,台湾重要作家、作品的研究和评论,台湾文学思潮,海峡两岸文学关系。师资力量:张羽教授、朱双一教授、刘奎教授、蒋小波副教授、吴舒洁副教授等。招生专业:中国现当代文学(博硕士)、台湾研究-台湾文学方向(博士)。
法律研究所主要研究领域包括:海峡两岸法律制度比较研究,两岸民间交往中的法律问题研究,两岸关系融合发展和国家统一的法律机制研究等。师资力量:彭莉教授、季烨教授、张文生教授、薛永慧副教授、刘文戈助理教授等。招生专业:宪法与行政法学(博硕士)。
社会研究所主要研究领域包括:国家治理与两岸社会融合发展,两岸社会保障交流合作,民间社会与基层交流合作,台胞的社会融入,两岸婚姻交流合作等。师资力量:高和荣教授、王华教授、张文生教授、肖日葵副教授、黄燕萍副教授。招生专业:社会学(博硕士)。
两岸关系研究所主要研究领域包括:台湾社会文化教育,两岸社会文化教育交流与合作,两岸宗教文化交流。师资力量:李鹏教授、别敦荣教授、张宝蓉教授、唐桦副教授、张彩霞助理教授、何晓繁助理教授、艾民伟助理教授等。招生专业:台湾研究-台湾教育与两岸关系方向(博硕士)。