安徽医科大学药学学科是学校历史最为悠久、学术底蕴最为深厚的学科之一。学科肇始于1926年东南医科大学药理教研室和1936年东南药科高级职业学校，1956年药理学获全国首批副博士学位授予权，1974年设立药学系，1984年成立临床药理研究所，1990年药理学获批省属院校第一个博士学位授权学科，1998年成立药学院，2003年获批博士后流动站，2025年组建药学科学学院。经过近百年的发展，学院现已成为全省药学教育高地与高水平药学专业人才培养的摇篮。
学院坚持把学科建设作为立院之本。管理临床药理研究所、炎症免疫性疾病安徽省实验室、抗炎免疫药物教育部重点实验室、安徽省创新药物研究院等19个省部级平台。药学学科获批安徽省高等学校高峰学科，药理学为安徽省A类重点学科，中药学为安徽省重点学科。药学学科在全国第五轮学科评估中取得B档次，软科中国最好学科排名中位列全国前15%。2025年药理学与毒理学ESI全球排名进入前1‰。
学院坚持把人才培养作为办院之魂。立足本、硕、博“三位一体”育人体系，现有硕士研究生1078人，博士研究生75人，设有药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、生药、临床药学、社会与管理药物、中药学8个学科方向，拥有药学博士学位一级授权点，药学、中药学2个硕士学位一级学科授权点，药学博士后科研流动站。2022年药学博士学位授权点获批年度“新时代育人质量工程项目安徽省省级特色学位点建设项目”。
学院坚持把人才队伍建设作为兴院之基。现有教职工178人，其中教授53人，副教授77人，博士生导师49人，专任教师具有博士学位达95%以上。拥有首批“全国高校黄大年式教师团队”等国家级教学团队3项，安徽省“115”产业创新团队等省级团队14个，国家“万人计划”教学名师、国家杰出青年基金获得者、“青年长江学者”等国家级称号人才7人次，省教学名师、皖江学者等省级称号人才40余人次。近5年，承担国家重点重大项目、国家自然科学基金等各类科研项目500余项，获省部级科研奖励11项，授权发明专利近50项。在Sci Trans Med、PNAS、Hepatology、Annals of Rheumatic Diseases等权威学术期刊发表高水平论文近700篇。
学院坚持把党建领航作为强院之要。近年来，荣获“全国教育系统先进集体”“安徽省先进基层党组织”“安徽医科大学先进集体”等荣誉称号，获批“安徽省首批高校党建工作标杆院系培育单位”，学院基础与临床药理学教研室教师党支部入选第三批全国高校党建工作“样板党支部”培育创建单位，研究生第三党支部获批第二批安徽省高校党建工作“样板党支部”培育创建单位。
学院将坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉承“修身至善、博学悟真、中西兼容、知行并进”育人理念，深入践行为党育人、为国育才初心使命和立德树人根本任务，大力弘扬教育家精神和百年安医精神，在学校第二个百年新征程上，锚定一流学科建设目标，团结拼搏、砥砺前行，为“厚德、有为、创新、开放、幸福”的“双一流”大学建设贡献药学力量。
目前学院在读硕士研究生的专业方向分为：（学术型）药理学，药物化学，药剂学，药物分析学，临床药学，社会与管理药学，中药学；（专业型）药学，中药学。学院着力培养学生的创新能力、创新精神和科学作风，注重与国际教育接轨。近五年，先后10名博士研究生参加“卓越博士生提升计划”，分别前往香港、美国、澳大利亚等海内外著名高校联合培养、访问交流。
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